肺癌和甲状腺癌的免疫组织化学检查结果存在差异。首先需要明确的是，肺癌是一种起源于肺部支气管黏膜或腺体的恶性肿瘤，而甲状腺癌则是指发生于甲状腺滤泡上皮细胞的恶性肿瘤。

在病理学方面，肺癌通常会表现出不同的形态特征，如小叶间隔增厚、肺门淋巴结转移等。而甲状腺癌则主要表现为甲状腺滤泡的异常增生和分化。因此，在进行免疫组织化学检查时，肺癌可能会出现SCLC、ALK阳性等标记物，而甲状腺癌则可能呈现出TTF-1、thyroglobulin等标记物。

其次，对于治疗方案的选择也有所不同。由于肺癌属于非小细胞肺癌的一种类型，治疗方法主要包括手术切除、放疗、化疗等多种方法。而甲状腺癌则可以通过手术切除、放射性碘治疗等方式进行治疗。

总之，肺癌和甲状腺癌虽然都属于恶性肿瘤，但其发病机制和临床表现有所区别。通过免疫组织化学检查可以更准确地诊断这两种疾病，并制定相应的治疗方案。建议患者及时就医并接受专业医生的指导。