做完肛瘘手术肛门凹凸不平可能是肛周脓肿引起，也有可能是瘢痕增生、伤口感染、肛门失禁等原因所致。建议患者及时就诊，明确诊断后在医生指导下进行治疗。

1、肛周脓肿：做完肛瘘手术后，如果没有对伤口部位做好护理工作，导致伤口部位感染，而引发肛周脓肿，可能会导致肛门部位出现肿胀、疼痛等症状，当肿胀严重时，就会引起做完肛瘘手术肛门凹凸不平。对此，患者可通过口服阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行抗感染治疗，如果症状比较严重，还需要通过手术将脓肿切开引流;

2、瘢痕增生：如果患者属于瘢痕体质，在做完肛瘘手术后，伤口部位可能会出现瘢痕增生，也可引起做完肛瘘手术肛门凹凸不平的现象。对此，患者可以通过局部涂抹疤痕止痒软化膏等药物进行缓解，如果症状比较严重，还可以通过手术将瘢痕切除;

3、伤口感染：如果患者在做完肛瘘手术后没有注意肛门卫生，导致伤口感染，而造成局部皮肤出现红肿、疼痛等症状，也有可能会导致做完肛瘘手术肛门凹凸不平。对此，患者可在医生指导下使用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行抗感染治疗;

4、肛门失禁：一般多见于高年老体弱的患者，在做完肛瘘手术后，如果损伤括约肌，可能会导致肛门失禁，从而出现做完肛瘘手术肛门凹凸不平的情况。对此，患者可通过括约肌修补术等方式进行治疗。