牙周基础治疗一般不会痛，但如果患者在进行牙周基础治疗后出现疼痛，可能是出现牙龈炎、牙周炎、根尖周炎等疾病，建议及时去医院进行相关检查，遵医嘱给予积极的治疗。

1、牙龈炎：由于刷牙方法不当、食物嵌塞等，造成牙菌斑长期积聚于龈沟内，而细菌大量繁殖可产生毒素，进一步刺激牙龈，从而引发牙龈炎，导致患者出现牙周基础治疗会痛的现象，并伴随牙龈水肿、充血、龈缘变厚、龈沟液溢出增多、龈缘糜烂等症状。建议患者在医生的指导下，使用甲硝唑片、替硝唑片等药物进行治疗;

2、牙周炎：主要是由局部因素引起的牙周支持组织的慢性炎症，由于细菌不断刺激牙龈，可导致牙周支持组织破坏，形成牙周袋，造成细菌滋生、感染，从而诱发牙周炎，导致患者出现牙周基础治疗会痛的现象，并伴随牙齿松动、牙槽骨吸收等症状。建议患者及时去医院进行超声波洗牙，以及遵医嘱使用阿莫西林胶囊、罗红霉素胶囊等药物进行治疗;

3、根尖周炎：通常是由于细菌感染，或物理刺激等因素，造成根尖周围组织出现炎症性病变，在进行牙周基础治疗时，若操作不当刺激到根尖周组织，可导致根尖周炎急性发作，从而出现牙周基础治疗会痛的现象，并伴随咬合疼痛、淋巴结肿大等症状。建议患者及时去医院就诊，在医生指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行治疗;

4、其他原因：如果患者在进行牙周基础治疗后，出现疼痛的症状，可能是在进行治疗后，牙根部位出现了少量的炎症性肉芽组织增生，在触碰时引起疼痛所致。建议及时去医院口腔科就诊，由医生使用过氧化氢溶液对根尖周部位进行清洗，必要时可通过手术切除。