做肛瘘手术后疼痛一般在1-3天会逐渐缓解或消失。但具体时间需要根据个人体质、病情严重程度以及术后恢复情况来判断。

一、正常现象

如果患者身体素质较好，并且是低位单纯性肛瘘，在进行肛瘘手术时对局部组织损伤较小，则可能在术后1天左右疼痛感就会减轻或者消失。但如果患者自身免疫力较差，并且属于复杂性的肛瘘，则术后伤口愈合的时间也会相对延长，通常会在2-3天才会逐渐好转。

二、异常现象

1.感染：若在做完肛瘘手术之后没有做好护理工作，导致细菌侵入引起感染，从而出现化脓的情况，此时则会导致疼痛症状加重，还会伴有发热、红肿等症状。建议遵医嘱服用抗生素药物治疗，如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等，同时还要注意保持患处清洁卫生，避免沾水和用手抓挠。

2.血栓形成：由于在手术过程中会对局部组织造成一定的创伤，而结缔组织渗出较多，可导致血液凝固，进而引发血栓的形成，也会使患者出现剧烈疼痛的症状。可以遵医嘱使用抗凝药物治疗，如华法林钠片、利伐沙班片等，必要时也可以通过溶栓疗法治疗。

除此之外，还可能是瘢痕增生等原因引起的，应及时就诊并采取合适的方法处理。