畸形精子是否会怀孕，需要根据引起畸形精子的原因进行判断，通常畸形精子会怀孕，但怀孕的可能性较小。引起畸形精子的原因较多，可能是生活习惯不良、环境因素、内分泌异常、生殖系统感染，以及染色体异常等。

1、生活习惯不良：如果男性长期吸烟、喝酒，经常熬夜，以及从事高温、油漆、苯等有毒有害物质工作，或者长期接触电离辐射等，造成精子DNA突变或精子畸形率增加，可能会导致精子畸形率过高，但仍然可以怀孕;

2、环境因素：如果男性经常接触一些化学毒物，如铅、苯、甲醛等，或经常接触一些放射线，可能会导致精子DNA突变，从而导致精子畸形率过高。但此时仍然可以怀孕，因为精子仍然具有正常功能，即使在畸形率过高的情况下，仍然可以与卵子结合，仍然可以怀孕;

3、内分泌异常：如果男性存在内分泌异常情况，如缺乏锌、甲状腺功能异常等，可能导致精子生成障碍、畸形率过高，但仍然可以怀孕。此时男性需要及时就诊，明确病因后进行相应治疗;

4、生殖系统感染：如果男性存在一些生殖系统感染性疾病，如前列腺炎、尿道炎、睾丸炎等，可能导致精子畸形率过高。但此时仍然可以怀孕，因为精子仍然可以正常产生，并不会影响受精卵着床发育;

5、染色体异常：部分男性存在染色体异常时，也会导致精子畸形率过高，但这种情况比较少见，建议男性及时就诊明确诊断。