福建省妇幼保健院感染科成立于2011年5月,为我院率先在省内儿科系统独立成立的感染性疾病科。感染科病房专门收治儿童感染性疾病，尤其在手足口病高发季节，能独立病房收治、抢救手足口病患儿，在手足口病救治方面达到省内领先水平。科室现有床位30张，医生5人，其中高级职称2人，中级职称1人，初级职称2人，护理人员13人。感染科除了承担日常儿科临床救治、教学、科研任务外，还承担社会突发公共卫生事件（如手足口病爆发等）的外出会诊、救治、支援指导等社会工作。
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