新生儿呕吐褐色分泌物可能是胃食管反流、先天性幽门肥厚狭窄、先天性巨球蛋白血症、新生儿溶血病、新生儿败血症等疾病的表现，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行针对性处理。
1.胃食管反流
胃食管反流是由于胃和十二指肠内容物反流入食管引起的一系列临床症状。当胃酸逆流时，可能会导致消化道黏膜受损，出现褐色分泌物。
针对胃食管反流的治疗方法包括生活方式调整、药物治疗如质子泵抑制剂等。
2.先天性幽门肥厚狭窄
先天性幽门肥厚狭窄是一种胎儿期幽门肌发育异常所致的先天性疾病，会导致幽门管腔狭窄而影响食物通过，进而引发呕吐等症状。由于胃内压力增高，可能导致胃黏膜损伤而出血，形成褐色分泌物。对于先天性幽门肥厚狭窄，可采用经腹壁微创手术进行治疗，如腹腔镜下幽门环肌切开术。
3.先天性巨球蛋白血症
先天性巨球蛋白血症是由B淋巴细胞恶性增生引起的血液系统疾病，患者体内会出现单克隆IgM免疫球蛋白增多的现象，此时免疫球蛋白对胃肠道黏膜产生刺激作用，导致局部出血，从而引起呕吐褐色分泌物的症状。本病通常需要遵医嘱使用化疗药物进行治疗，比如苯丁酸氮芥、环磷酰胺等。
4.新生儿溶血病
如果母亲与胎儿之间的血型不合，则可能发生新生儿溶血病，红细胞破坏增加，导致贫血和凝血功能障碍，引起呕血。轻至中度溶血者可遵照医生的意见用光照疗法治疗，重症需输血治疗。
5.新生儿败血症
新生儿败血症是指致病菌侵入血液循环后，在其中生长繁殖并产生毒素所造成的全身性感染，炎症因子刺激胃肠黏膜会引起恶心呕吐，严重时会发生上消化道出血。抗生素治疗是主要手段，由医师指导用药，常用头孢曲松钠、注射用亚胺培南西司他丁钠等药物。
建议密切监测患儿的生命体征和病情变化，定期复查相关检查项目，例如胃镜检查、大便常规化验以及血常规检查，以评估病情进展和治疗效果。同时注意观察患儿是否有腹泻、发热等情况，及时发现并处理可能存在的并发症。
