巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢上形成的囊肿，属于良性疾病，但是有类似于肿瘤的性质，具有复发性和播散性，对患者的危害主要包括周期性腹痛、不孕、月经异常等。

1、周期性腹痛：巧克力囊肿可以随着时间逐渐长大，由于囊肿逐渐长大，囊壁会出现破裂、出血，囊肿内的液体会流入盆腔，甚至腹腔，造成急性腹痛的症状;

2、不孕：由于巧克力囊肿的部位在输卵管、卵巢，可能会影响输卵管的通畅，甚至造成输卵管的堵塞，影响卵巢的排卵功能，从而造成不孕的情况;

3、月经异常：由于巧克力囊肿，影响到卵巢功能，可能会造成女性月经不调、月经量增多，甚至是月经期延长等情况的发生;

4、恶心、呕吐：巧克力囊肿的患者，由于囊肿逐渐长大，造成压迫，从而影响到腹腔神经，造成胃肠道的痉挛，引起恶心、呕吐等胃肠道不适症状;

5、其他：如果巧克力囊肿发生破裂，可能会出现剧烈的腹痛、出血等急性症状。

建议巧克力囊肿的患者，一定要定期进行复查，了解囊肿大小以及性质变化，如果考虑有恶变的可能，建议尽早进行手术切除，以免延误病情，影响患者的身体健康。对于暂时无生育需求，或者绝经期女性，可以通过口服避孕药或者激素药物，控制巧克力囊肿的生长，甚至停经以后，巧克力囊肿可以逐渐萎缩，甚至消失。