灰指甲不会直接导致拇指凹陷，但如果伴有甲沟炎或其他并发症，则可能出现指甲凹陷的情况。

灰指甲主要是由真菌侵袭指甲引起，此时会导致指甲增厚、变脆，甚至脱落，一般不会直接造成指甲床的损伤，因此不会直接导致指甲凹陷。如果患者没有及时接受治疗，局部皮肤反复受炎症因子刺激，可能会诱发甲沟炎等疾病，从而出现指甲凹陷的情况。

此外，如果患者的指甲受到外伤或遭受机械压迫，也可能因血液循环不畅而发生指甲凹陷。

若患者存在缺乏维生素B12的现象，可能会因为体内营养物质不足，影响指甲生长发育，从而表现为指甲薄软无力，易折断，也可伴随指甲凹陷的症状。

针对灰指甲的治疗，应避免盲目使用药物以防加重病情，同时注意个人卫生，保持患处干燥清洁，有助于促进疾病的恢复。对于缺乏维生素B12引起的指甲凹陷，可通过食用富含维生素B12的食物，如动物肝脏、牛肉等来改善症状。