蛛网膜囊肿几乎都是先天性的，极少数是后天获得性的。
蛛网膜囊肿主要是由于胚胎发育过程中蛛网膜下隙与蛛网膜绒毛粘连、闭塞，使该处的脑脊液不能循环吸收而逐渐形成囊性结构。这种病变通常是胚胎时期发生的，因此大多数蛛网膜囊肿属于先天性疾病。但在极少情况下，如外伤或其他疾病引起的蛛网膜破裂，可能会诱发囊肿形成，此时则可能是后天获得性的。
蛛网膜囊肿还应考虑是否为继发性囊肿，其可能由感染或出血引起，需要进一步检查以确定具体原因。
蛛网膜囊肿是一种较为常见的颅内良性肿瘤，通常生长缓慢且很少恶变。但患者仍需定期复查MRI以监测囊肿大小变化，避免剧烈运动，保持良好的生活习惯，预防头部受伤。
