怀孕三个月小便有刺痛可能是外阴阴道假丝酵母菌病、尿路结石等原因导致的，需针对具体病因进行针对性处理。
外阴阴道假丝酵母菌病是由假丝酵母菌引起的常见阴道炎症，患者可表现为白带增多、瘙痒等症状，严重者会出现排尿疼痛的情况。治疗通常采用局部用药如克霉唑栓等抗真菌药物。尿路结石是指肾脏、输尿管、膀胱或尿道中形成的固体结晶体，当结石移动或排出时会引起尿道刺激和痉挛性疼痛，从而引发刺痛感。对于较小的结石可以考虑使用排石颗粒促进结石排出，而对于较大的结石则需要手术治疗，如经皮肾镜取石术。
如果症状持续不缓解或者伴有其他不适，应尽快就医以便获得适当的诊断和治疗。
还可能包括尿路感染、前庭大腺炎等疾病，这些都可能导致孕妇在孕期出现尿频、尿急、尿痛的症状。但具体情况还需要医生进一步检查确诊。
孕期女性应注意个人卫生，保持外阴干燥清洁，避免穿紧身裤，以减少细菌滋生的机会。同时还要注意多喝水，勤排尿，有助于冲刷尿道，预防尿路感染的发生。
