磷霉素氨丁三醇散不能直接治疗肾结石，但可辅助预防继发性尿路感染。

磷霉素氨丁三醇散为广谱抗生素，通过抑制细菌细胞壁合成而发挥杀菌作用，对革兰氏阳性菌、阴性菌均有较强的抗菌活性，可用于敏感菌株所致的感染性疾病。肾结石患者存在尿路梗阻时，易发生尿路感染，此时使用该药可以控制感染，防止病情进一步恶化。

针对肾结石，若出现严重疼痛或血尿等症状，应遵医嘱服用非甾体抗炎药如吲哚美辛以缓解症状。

在治疗肾结石期间，患者应注意多喝水促进排石，并定期复查监测结石大小及位置变化。对于有尿路感染者，应在医师指导下合理使用抗生素的同时，避免滥用以减少耐药性的产生。