牙周囊肿分为牙源性囊肿和非牙源性囊肿，如果是牙源性囊肿，不治疗会一直存在。如果是非牙源性囊肿，如根尖周囊肿、成釉细胞瘤，不治疗会自行消退，但是也可能会继续长大。
一、牙源性囊肿：
1、根尖周囊肿：如果不治疗，囊肿会继续增大，破坏牙槽骨，从而引起牙齿松动，如果囊肿较大，会在牙龈表面形成瘘管;
2、成釉细胞瘤：成釉细胞瘤多发生于下颌骨，生长比较缓慢，早期没有自觉症状，如果不进行治疗，待囊肿越来越大，会在局部形成比较明显的包块。
二、非牙源性囊肿：
1、根尖周囊肿：非牙源性囊肿好发于上颌前磨牙和下颌磨牙区，临床上多采用刮治术和根管治疗术治疗牙源性囊肿，如果切除不彻底，有可能复发。另外，非牙源性囊肿一般生长缓慢，不治疗可能也会自行消退;
2、成釉细胞瘤：成釉细胞瘤虽然是良性肿瘤，但是有侵袭性，有时会发生恶变，如果不进行切除，可能会出现复发。
此外，如果牙周囊肿比较小，可以先观察，无需治疗，但是需要定期进行口腔检查和护理。如果牙周囊肿比较大，或者已经出现邻近组织的压迫症状，如继发感染、牙齿松动等，需要尽早到医院口腔科进行手术切除。平时应注意保持口腔卫生，避免吃过硬的食物，以免造成局部损伤。
