做完肛瘘术后小腹疼可能是术后感染、切口裂开等原因导致的。

上述提及的症状多是由于术后感染引起的，因为肛瘘手术是一种有创性的操作，会破坏肛门周围的正常解剖结构，导致细菌进入并引发感染。而切口裂开则可能导致肠道内容物泄漏到腹腔内，引起化学性腹膜炎或继发性肠瘘，进而引发腹痛症状。患者需要及时就医进行进一步检查和治疗，以免延误病情。

如果疼痛持续时间较长或者逐渐加重，则可能表明存在并发症，如血肿形成、尿潴留等。这些都需要及时处理以避免进一步的健康风险。

术后患者应密切观察伤口愈合情况以及是否有异常液体渗出，并注意保持局部清洁干燥。若发现异常应及时告知医生，以便得到适当的治疗。