小儿口腔疱疹伴发烧39度可以考虑使用利巴韦林、阿昔洛韦等抗病毒药物治疗。若出现高烧不退，可选用布洛芬或对乙酰氨基酚进行退热。但口腔疱疹属于较严重的感染，建议及时就医以获得适当的治疗。

1.利巴韦林

利巴韦林适用于治疗由呼吸道合胞病毒引起的病毒性肺炎等疾病。

该药物具有广谱抗病毒的作用。肾功能损害者应谨慎使用本品。

2.阿昔洛韦

阿昔洛韦可用于单纯疱疹病毒感染、带状疱疹感染等疾病的治疗。此药物能够抑制病毒DNA合成，从而达到抗病毒的目的。对于既往有严重免疫缺陷病患者，应特别注意潜在机会性感染的发生。

3.布洛芬

布洛芬可以缓解高热不退的症状。其通过抑制前列腺素的合成而产生解热镇痛及抗炎作用。服用后不可驾驶机动车辆和操作机器。

4.对乙酰氨基酚

对乙酰氨基酚可作为轻至中度疼痛以及普通感冒或流行性感冒引起的发热的优选药物。本品可通过抑制中枢神经系统前列腺素的合成起到解热镇痛效果。肝功能受损者长期大量使用时会加重肝脏负担，需慎用。

以上提及的所有药物都需要遵医嘱合理使用。此外，患儿还可适当增加饮水量，促进机体新陈代谢，有利于病情恢复。