肛瘘手术后大便疼痛一般会持续2-4周，具体时间取决于伤口大小和个人愈合能力。

肛瘘手术后大便疼痛通常是因为肛门周围切口引起的，一般在术后2-4周内出现。如果术后切口较小且愈合较快，没有感染发生，此时疼痛时间相对较短，可能在2周左右缓解。如果术后切口较大或伴有感染，疼痛时间可能会延长至4周或更久。此外，患者个人体质也会影响疼痛持续时间，如年龄、是否有糖尿病等。

术后患者应避免辛辣刺激性食物，保持大便通畅，以减少排便时的疼痛。