做完肛瘘手术后会出现不同程度的疼痛，但具体疼痛程度因人而异。

由于肛瘘手术需要切开或移除受损组织，会导致伤口处神经受到刺激，从而引发术后疼痛。这种疼痛是由于手术引起的炎症反应和组织修复过程中的神经刺激所致，个体差异会影响术后疼痛的程度。

如果患者在术后还伴有发热、排尿困难等症状，则可能是感染导致的，需及时就医处理。

术后患者应避免剧烈运动，以减少伤口摩擦和刺激，促进愈合。日常生活中还要注意保持局部清洁干燥，以免引起继发性感染。