做完肛瘘手术三个月仍然疼痛可能是术后并发症如切口感染、肛门括约肌痉挛等问题引起的。

肛瘘手术后切口感染会导致切口周围红肿、疼痛，需要使用抗生素治疗；肛门括约肌痉挛会引起排便困难及疼痛，可通过热敷、按摩等方式缓解。如果疼痛持续不缓解或者伴有其他症状，应及时复诊以便获得专业评估和治疗。

若患者在术后存在局部皮肤过敏反应或并发痔核脱出等疾病时，可能会导致术后出现瘙痒、疼痛等症状，此时还可伴随有局部皮疹形成。

术后患者应定期复查以监测病情恢复情况，避免进食辛辣刺激性食物，保持良好的个人卫生习惯，促进伤口愈合。