先天性肛门狭窄手术后遗症不大，一般能治好。

因为先天性肛门狭窄主要是由先天性的因素所造成的疾病，属于一种比较常见的消化道畸形，如果能够积极进行手术矫正，则可以达到治愈的目的。

在极少数情况下，先天性肛门狭窄可能伴随有肠道功能紊乱或感染等问题，这些并发症可能会增加治疗难度和风险。

术后定期复查以监测病情变化是必要的，同时注意保持局部清洁卫生，避免便秘与腹泻交替出现，以免加重症状。