卵巢囊肿和巧克力囊肿虽然都属于卵巢肿瘤，但属于不同的肿瘤类型，二者的区别主要在于发生原因、发生部位、临床症状、治疗方法、预后等方面。
1、发生原因：卵巢囊肿通常是由环境、饮食、感染、激素等因素所引起。巧克力囊肿通常是由子宫内膜异位症所导致;
2、发生部位：卵巢囊肿可以发生在卵巢，也可以发生在卵巢外的部位，比如盆腔、腹腔等;而巧克力囊肿主要发生在卵巢，通常位于盆腔深处;
3、临床症状：卵巢囊肿多表现为腹痛、腹部包块、月经失调等症状，而巧克力囊肿的临床表现则根据巧克力囊肿的大小不同而不同，较小的巧克力囊肿一般没有明显症状，随着巧克力囊肿体积的增大，患者可能会出现痛经、月经异常等症状;
4、治疗方法：卵巢囊肿多以手术治疗为主，通常需要将卵巢囊肿切除，而巧克力囊肿的治疗方法则是对于巧克力囊肿进行治疗，如果有生育要求，一般建议进行手术治疗，而对于没有生育要求的女性，则建议进行保守治疗;
5、预后：卵巢囊肿属于良性的肿瘤，而巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，因此预后通常较卵巢囊肿差。但巧克力囊肿预后较卵巢囊肿好，经过积极治疗后有50%的患者可以治愈。
无论是卵巢囊肿还是巧克力囊肿，建议女性都要积极治疗，因为这两种疾病都可能会影响女性的生育功能，影响身体健康。建议女性在日常生活中要养成良好的生活习惯，坚持锻炼身体，并保证充足的睡眠，避免劳累，清淡饮食，保持愉悦的心情。
