新生儿消化不良大便有奶瓣可以考虑使用双歧杆菌、乳酶生、胰蛋白酶、胃蛋白酶、多潘立酮等药物进行治疗。但是新生儿的消化系统发育不完善，用药需谨慎，建议在医师指导下使用药物，并密切观察孩子的病情变化。如果症状没有改善或者加重，应尽快就医。

1.双歧杆菌

双歧杆菌适用于肠道菌群失调引起的腹泻、腹胀。该药物能够抑制有害细菌的生长，促进有益菌繁殖，调整肠道微生态平衡。使用时需注意不宜与抗菌药同时服用，以免影响其治疗效果。

2.乳酶生

乳酶生可用于消化不良、肠炎及小儿腹泻等病症。此药可帮助分解食物中的乳糖，改善消化功能。对于缺乏葡萄糖-6-磷酸脱氢酶的儿童应慎用本品。

3.胰蛋白酶

胰蛋白酶用于新生儿消化不良伴有蛋白质消化吸收障碍的情况。该药物能水解由胰蛋白酶原转变而来的各种蛋白质，从而达到助消化的目的。对本品过敏者禁用。

4.胃蛋白酶

胃蛋白酶适用于新生儿消化不良中由于蛋白未被充分分解导致的大便有奶瓣。该药物可以辅助分解蛋白质，促进消化。本品须在碱性溶液中才能发挥作用，故不宜与抗酸药合用。

5.多潘立酮

多潘立酮适用于新生儿消化不良引起恶心呕吐的症状。本品通过增加食道下部括约肌张力，改善胃排空，从而防止胆汁返流。早产儿、新生儿禁用。

针对新生儿消化不良和大便有奶瓣的问题，家长应注意调整饮食结构，避免过度喂养，以减轻胃肠负担。必要时，可在医生指导下使用益生菌制剂如枯草杆菌二联活菌颗粒来改善肠道微生态环境。