孕晚期胎儿小头畸形概率较低，通常低于1%。

孕晚期胎儿小头畸形的发生率较低，因为此时胎儿的大脑发育已经基本完成，结构逐渐成熟，发生畸形的可能性相对较小。但是仍然需要定期进行产前检查，如B超检查，以确保胎儿的健康状况。如果发现有异常情况，应及时向医生咨询并接受进一步的评估和治疗。

若孕妇在孕期存在妊娠期糖尿病、高血压等疾病，可能会增加胎儿小头畸形的风险。这是因为这些疾病可能导致胎盘功能不全或胎儿生长受限，进而影响胎儿头部的正常发育。

在整个孕期中，建议定期进行胎儿超声检查，监测胎儿头围大小，及时发现并处理任何潜在的问题。同时，均衡饮食，保证充足的睡眠，有助于减少胎儿发育异常的风险。