胃肠道间质瘤是恶性的，属于消化道常见的软组织肉瘤。

胃肠道间质瘤是由c-kit基因突变引起的，该基因编码蛋白酪氨酸激酶参与细胞信号转导，异常激活可能导致细胞过度增殖，进而形成肿瘤。此外，胃肠道间质瘤还与PDGFRA、CD117等分子有关，这些分子在正常情况下对细胞生长有调控作用，但在某些情况下可能会促进癌变。

基于上述信息，可以得出胃肠道间质瘤是恶性的结论。

但并非所有胃肠道间质瘤都是恶性的，也有低度恶性和高度良性的类型，其生长速度较慢且预后较好。

针对胃肠道间质瘤的诊断和治疗需谨慎处理，建议患者定期复查以监测病情变化，并遵循医嘱接受适当的药物或手术治疗。