新生儿消化道畸形可以通过超声检查、X线平片、钡餐造影、腹腔镜检查、染色体分析等检查来诊断。鉴于消化道畸形可能涉及多个系统，建议及时就医以获得专业评估和治疗。

1.超声检查

通过超声波成像来评估胎儿结构异常和先天性缺陷。使用高频声波扫描孕妇腹部或经阴道进入子宫内观察胎儿情况。

2.X线平片

X线平片可以显示消化道梗阻部位及气体分布情况，以判断是否存在消化道畸形。

医生会将X射线源对准身体特定区域进行曝光，拍摄前后位和侧位图像。

3.钡餐造影

钡餐造影能够直观地显示出食管、胃肠道等器官的位置、形态以及功能状态。受检者口服含碘造影剂后，在放射科医师指导下进行吞咽动作，并由影像技师监控摄取图像。

4.腹腔镜检查

腹腔镜检查可直接观察到腹腔内部情况，对于某些类型的消化道畸形有确诊作用。在全身麻醉下将微型摄像头插入患者腹部进行观察。

5.染色体分析

染色体分析可用于识别可能与消化道畸形相关的遗传性疾病。采集外周血样本并在实验室中培养并分析细胞中的染色体数目和结构是否正常。

以上各项检查均需在专业医疗机构完成。由于新生儿年龄较小，应确保其安全舒适，并遵循医护人员指导进行相应准备。