隐孢子虫感染的诊断可以通过隐血试验、粪便涂片显微镜检查、隐孢子虫抗原检测、隐孢子虫核酸检测、小肠黏膜活检等医学检查进行。由于涉及感染性诊断，建议在有资格的医疗机构进行上述检查。

1.隐血试验

隐血试验用于检测是否存在消化道出血的情况，若存在则可能导致隐孢子虫感染。通过取患者的尿液、唾液或血液样本，在实验室中使用特定试剂进行分析以确定是否存在红细胞。

2.粪便涂片显微镜检查

粪便涂片显微镜检查可直接观察到寄生虫的存在情况，有助于诊断隐孢子虫感染。将新鲜或已保存的粪便样本制成薄片并在显微镜下观察有无异常结构或活动的生物体。

3.隐孢子虫抗原检测

隐孢子虫抗原检测旨在快速鉴定是否存在隐孢子虫感染。利用免疫学原理对采集样品中的隐孢子虫蛋白进行特异性识别并呈现阳性结果。

4.隐孢子虫核酸检测

隐孢子虫核酸检测是针对隐孢子虫DNA的一种分子生物学检测手段，可以提高诊断准确性。通过对临床标本中隐孢子虫基因组片段扩增和测序来确认是否存在相应病原体。

5.小肠黏膜活检

小肠黏膜活检是一种侵入性检查方法，通常在影像引导下获取一小块小肠组织，可用于评估小肠炎症及感染性疾病如隐孢子虫感染。医生使用专用工具从患者的腹部取出一小块小肠组织，并将其送往实验室进行病理学分析。

以上各项检查均需空腹进行，以免影响结果准确性。在进行隐孢子虫检查之前，应避免摄入可能含有隐孢子虫的食物或水，保持良好的个人卫生习惯也是至关重要的。