黄芪的根和茎具有相似的功效，但具体使用时需遵医嘱选择合适的部位。

黄芪的根和茎都含有多种生物碱、皂苷等活性成分，这些成分能够增强机体免疫力、抗疲劳以及促进血液循环。

但由于两者的生长部位不同，在生长过程中可能会受到不同的环境因素影响，导致其中某些成分含量发生变化，从而引起它们在药理作用上的差异。此外，黄芪的根部相对于茎部而言更加发达，可能意味着它具有更强的补气效果；而黄芪的茎部则可能更侧重于利水消肿的作用。基于上述考虑，医生会选择合适的部位以达到比较好疗效。

虽然黄芪的根和茎在大多数情况下可以互换使用，但在某些特定条件下，如患者存在高血压或心脏病史，则应优先选用根部而非茎部。因为黄芪的根部具有更好的降血压效果，可减轻由长期高压力状态引起的不适症状。

在使用黄芪治疗疾病时，应注意个体差异及可能出现的不良反应，并遵循医师指导调整剂量与疗程长度。另外，对于存在药物相互作用风险者，应在专业药师指导下使用以确保安全有效。