HPV感染患者应用干扰素治疗，可能会出现发热、疲劳、恶心、呕吐、腹泻、阴道不适、头痛、瘙痒等副作用。但临床上副作用相对比较少，大部分患者应用干扰素后，可以获得较好的治疗效果，因此不必过于担心。

1、发热：患者应用干扰素后可能会引起发热，因为干扰素进入人体后，可能会诱发机体的免疫反应，从而出现发热的症状;

2、疲劳、恶心、呕吐：患者应用干扰素后，可能会刺激胃肠道黏膜，从而出现食欲不振、疲劳等不适症状。若刚好患有感冒，则症状可能会与感冒相混淆，从而影响到治疗;

3、腹泻：患者应用干扰素后，对胃肠道也会产生一定的刺激，出现腹泻的症状。如果患者腹泻的次数较多，建议及时停药，并且给予一定的益生菌进行调理;

4、阴道不适：因为干扰素具有一定的杀灭病毒的作用，因此患者在应用干扰素后，可能会出现白带增多的情况。若白带比较严重，建议患者到医院就诊;

5、头痛、瘙痒：因为干扰素可能会刺激头部的神经，进而出现头痛、外阴部位瘙痒等不适症状。

除此之外，由于外界因素的刺激，使患者在应用干扰素后出现不规则的阴道流血，以及注射部位红肿等症状，一般可自行消失。在临床上应用干扰素进行治疗期间，患者要注意多休息，避免过度劳累，不要熬夜。同时饮食要清淡，避免进食辛辣、刺激性食物，更不能饮酒，以免加重病情。