藿香正气水不能治疗灰指甲。

藿香正气水中含有的酒精成分虽然有一定的抑菌作用，但是其并不具备杀灭真菌的能力，因此无法直接用于治疗灰指甲。该疾病主要由真菌感染引起，需要通过抗真菌药物如特比萘芬、伊曲康唑等进行治疗。另外，由于藿香正气水中含有一定量的酒精，因此不宜与头孢类抗生素同时服用，以避免双硫仑样反应的发生。

针对灰指甲的治疗需个体化考虑，并应遵医嘱使用相应药物。例如患者有肝肾功能不全时，可能会影响口服抗真菌药的效果，此时可选用盐酸阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等外用药进行治疗。

在治疗灰指甲期间，应注意个人卫生，保持患处干燥清洁，避免过度接触水分，以免加重病情。