新生儿水样便便可能是由感染性腹泻、先天性乳糖不耐受、先天性肠道短、巨球蛋白血症、先天性免疫缺陷病等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.感染性腹泻

感染性腹泻是由病毒、细菌或其他微生物引起的肠道炎症和损伤，导致消化道功能紊乱，进而出现水样便便的现象。抗病毒药物如利巴韦林颗粒可用于病毒感染引起的感染性腹泻。

2.先天性乳糖不耐受

先天性乳糖不耐受是由于婴儿体内缺乏乳糖酶，无法分解母乳或配方奶中的乳糖，导致乳糖进入肠道后被发酵产酸，使肠腔内渗透压增高而引起水分丢失，从而出现水样便便的情况。

应用益生菌制剂如双歧杆菌三联活菌胶囊可改善肠道微生态环境，促进乳糖的消化吸收。

3.先天性肠道短

先天性肠道短是指胎儿时期肠道发育异常，长度小于正常范围。这会导致食物通过肠道的时间缩短，未能充分吸收水分和电解质，从而引起水样便便。手术延长肠道是一种常见的治疗方法，例如小肠旋转不良可以通过腹腔镜下微创手术进行矫正。

4.巨球蛋白血症

巨球蛋白血症时，血液中存在大量的单克隆IgM抗体，这些抗体可以抑制小肠上皮细胞分泌的葡萄糖苷酶活性，影响了碳水化合物的代谢过程，使得乳糖不能被有效地分解和吸收，从而引起水样便便。患者可在医生指导下使用拉米夫定片等核苷类反转录酶抑制剂进行治疗。

5.先天性免疫缺陷病

先天性免疫缺陷病患者的免疫系统存在遗传性缺陷，无法有效抵御病原体入侵，导致反复感染，其中可能包括胃肠道感染，此时可能会伴随有腹泻的症状，导致水样便便。针对不同类型的先天性免疫缺陷病，其治疗方案各异，但通常需要终身管理。例如艾滋病患者可遵医嘱服用硫酸阿巴卡韦片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片等抗逆转录病毒药物来控制病情发展。

新生儿家长应注意观察宝宝的精神状态和尿量，以评估脱水程度。必要时，应进行电解质分析、大便常规和轮状病毒检测，以排除其他潜在的消化道疾病。