小男孩智力停止发育可能是由基因突变、染色体异常、脑瘫、神经递质代谢障碍、甲状腺功能减退等病因引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议及时就医，以便进行准确的诊断和治疗。

1.基因突变

基因突变可能导致蛋白质合成错误，影响大脑正常发育和功能，从而导致智力低下。

针对基因突变引起的智力低下的治疗可能包括使用利鲁唑片、依达拉奉注射液等神经营养药物来改善脑部功能。

2.染色体异常

染色体异常如21三体综合征会影响大脑和其他身体部位的正常发育，进而导致智力低下。对于染色体异常引起的小男孩智力低下，可以考虑进行行为疗法以帮助其适应日常生活。

3.脑瘫

脑瘫是由于胎儿期或新生儿期的大脑损伤所致，会导致运动协调障碍和智力低下。脑瘫患儿可遵医嘱服用营养脑细胞的药物进行治疗，比如吡拉西坦胶囊、奥拉西坦胶囊等。

4.神经递质代谢障碍

神经递质代谢障碍会影响大脑中的化学信号传递，干扰正常的思维和学习能力，表现为智力低下。治疗神经递质代谢障碍引起的小男孩智力低下通常需要通过心理评估和行为干预相结合的方式进行。

5.甲状腺功能减退

甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，影响神经系统发育和功能，导致智力低下。补充甲状腺激素是治疗甲减引起的小男孩智力低下的主要方法，常用药为左甲状腺素钠片。

建议定期带孩子到医院进行生长发育评估以及相关遗传咨询。必要时，可进行头颅MRI、血液中氨基酸分析等检测，以监测病情变化并指导后续管理。