新生儿肺炎需要使用抗菌药物治疗，一般根据病原体，选择相应的抗菌药物。常见的包括革兰氏阳性球菌、革兰氏阴性杆菌、支原体、衣原体、病毒等，需要在医生指导下使用。
1、革兰氏阳性球菌：对于革兰氏阳性球菌引起的肺炎，需要使用抗菌药物治疗，如阿莫西林、青霉素、头孢克肟等。但要严格遵医嘱使用，必要时根据药敏试验结果及时调整抗生素药物;
2、革兰氏阴性杆菌：对于革兰氏阴性杆菌引起的肺炎，需要选用抗菌药物治疗，如阿莫西林、头孢克肟、阿奇霉素等，因为此类药物对革兰氏阴性杆菌效果较好;
3、支原体、衣原体：如果是支原体、衣原体感染引起的肺炎，首选阿奇霉素、红霉素等大环内酯类药物治疗。因为此类药物对支原体、衣原体感染有较好的治疗效果;
4、病毒：如果是病毒感染引起的肺炎，如腺病毒、呼吸道合胞病毒等，一般没有特效抗病毒药物，需要根据病毒感染的特点遵医嘱选择合适的抗病毒药物治疗，如重组人干扰素α-2b等。
此外，抗生素在杀灭细菌的同时，还会将不典型病原体，即病原体留在体内不被杀灭，如真菌、厌氧菌，所以在抗感染的同时还需要使用抗真菌或者抗厌氧菌的药物治疗，如酮康唑、甲硝唑、替硝唑等。使用抗生素前，要确定引起肺炎的病原体类型，避免使用不对症的抗生素治疗。
