男孩小便疼痛伴有包皮过长可能是尿道炎、龟头炎引起的，需要及时就医进行针对性治疗。

尿道炎通常由淋球菌或非淋球菌感染所致，可导致尿频、尿急、尿痛等症状；龟头炎则多为白色念珠菌、滴虫等真菌或寄生虫感染引起，表现为阴茎头部瘙痒、红肿、疼痛等。上述疾病都与包皮过长有关，因为包皮过长会导致局部清洁困难，容易积累污垢和细菌，从而诱发感染。建议患者及时就医，在医生指导下使用抗生素治疗尿道炎，如阿莫西林克拉维酸钾片、盐酸左氧氟沙星胶囊等，以及应用抗真菌药物治疗龟头炎，比如克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。

若症状持续不缓解或者加重，可能影响日常生活和学习，需考虑是否与膀胱炎、输尿管结石等疾病有关。这些疾病也可能引发排尿时的不适感，但处理方式各异，因此应进一步排查病因。

日常生活中要保持良好的个人卫生习惯，勤洗澡、勤换内裤，尤其是注意清洗外生殖器部位。同时还要养成良好的生活习惯，避免憋尿，以免增加泌尿系统疾病的患病风险。