甲硝唑具有广谱抗菌作用，对多种厌氧菌有较强的杀灭效果，而口腔溃疡的发生与厌氧菌感染有一定的关系，所以患者可以在医生指导下使用该药进行治疗。但需注意的是，本品可导致中枢神经系统副作用，严重者甚至会诱发癫痫发作，因此不宜长期服用。
如果口腔溃疡是由病毒感染引起的，则甲硝唑可能无效。
因为甲硝唑不具有抗病毒作用，此时需要遵医嘱使用利巴韦林颗粒、阿昔洛韦片等药物进行针对性治疗。
在使用甲硝唑期间应避免饮酒，以免引起双硫仑样反应。此外，对于口腔溃疡的治疗，患者应注意保持口腔卫生，避免辛辣刺激性食物，并按医嘱使用非处方外用药如复方氯己定含漱液或局部涂抹曲安奈德软膏以促进愈合。
