畸形胸腺瘤通常是恶性的。

畸形胸腺瘤中存在异型性细胞，这可能是由于基因突变导致细胞分化障碍所致。

此外，当出现胸痛、咳嗽、呼吸困难等症状时，也可能是恶性病变引起的。因此，建议患者及时完善相关检查，以便明确具体病情后对症治疗。

如果肿瘤标志物水平异常升高，则可能表明患有恶性胸腺瘤。但并非所有胸腺瘤都是恶性的，也有良性胸腺瘤的可能性。

对于胸腺瘤，应注意定期复查胸部CT以监测肿块大小变化，同时注意观察有无新发症状或原有症状加重，并遵循医嘱接受适当的治疗。