核性眼肌麻痹与核间性眼肌麻痹的鉴别在于病因、病变部位、眼球运动异常特点、瞳孔反射以及视力变化。

1.病因

核性眼肌麻痹由外展神经、动眼神经或滑车神经受压或损害引起，而核间性眼肌麻痹则涉及脑干中控制眼球运动的神经核。

2.病变部位

核性眼肌麻痹的病变位于大脑半球、中脑顶盖、桥脑基底部等部位。核间性眼肌麻痹的病变通常集中在中脑上部。

3.眼球运动异常特点

核性眼肌麻痹主要表现为双眼同向运动障碍，如右眼注视时左眼不能同时注视右侧目标，左眼注视时右眼不能同时注视左侧目标。核间性眼肌麻痹则伴随有水平凝视麻痹，即患者无法将目光固定于正前方，而是偏向一侧。

4.瞳孔反射

核性眼肌麻痹患者的瞳孔对光反应可能正常或减弱。核间性眼肌麻痹患者的瞳孔对光反应可能亢进或迟钝。

5.视力变化

核性眼肌麻痹很少导致视力下降。核间性眼肌麻痹可能导致暂时性视力模糊或视野缺损。

在诊断核性眼肌麻痹和核间性眼肌麻痹时，应考虑进行头颅MRI以评估大脑结构，尤其是中脑区域。