表皮囊肿与脂肪瘤的区别在于前者是皮肤下的囊性病变，后者为成熟的脂肪组织良性肿瘤。

表皮囊肿主要由于毛囊堵塞导致毛囊上皮过度角化，逐渐发展成为囊状结构，并被上皮细胞所填充；而脂肪瘤则是脂肪细胞异常增生所致，属于体内的脂肪组织良性肿瘤。两者的病因、临床表现及治疗方法均有不同。

如果表皮囊肿体积较大或伴有感染时，可能需要手术切除；而对于无症状且较小的脂肪瘤通常无需治疗，但若出现疼痛、增大等情况则需考虑手术切除。

在诊断表皮囊肿和脂肪瘤时，应通过触诊、影像学检查等确定病变性质和大小，以区分两者并制定相应处理方案。日常生活中注意保持良好的个人卫生习惯，避免长时间处于潮湿环境，可减少表皮囊肿的发生风险。