亚急性甲状腺炎伴吞咽困难时，可以遵医嘱使用抗生素治疗、非甾体抗炎药、糖皮质激素、甲状腺替代疗法、吞咽困难康复训练等方法进行治疗。

1.抗生素治疗

抗生素通过抑制细菌生长来控制感染，如阿莫西林、克拉维酸等。对于由特定细菌引起的急性甲状腺炎有治疗效果。

2.非甾体抗炎药

非甾体抗炎药能够减少局部组织的炎症反应，代表药物包括布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片。适用于缓解轻至中度疼痛及发炎的情况。

3.糖皮质激素

糖皮质激素具有较强的抗炎作用，能迅速减轻炎症过程，常用制剂为泼尼松、地塞米松。当患者存在严重症状时，可考虑使用以快速控制病情。

4.甲状腺替代疗法

甲状腺替代疗法是补充体内缺乏的甲状腺素，常用药物为左旋甲状腺素钠片、甲状腺片。针对慢性甲状腺功能减退导致的代谢缓慢相关症状。

5.吞咽困难康复训练

吞咽困难康复训练旨在通过特定技巧和活动改善吞咽功能，主要包括口腔肌肉锻炼和颈部运动。适合于因神经或肌肉损伤引起长期吞咽困难的个体。

在治疗亚急性甲状腺炎伴有吞咽困难时，应密切监测病情变化，尤其是吞咽困难程度。必要时，医生可能会建议暂停进食固体食物，改为流质或半流质饮食，以减少吞咽时的不适感。