右侧卵巢囊肿引起肚子疼可能有多种原因，包括激素水平变化引起的卵巢生理性囊肿、盆腔炎、子宫内膜异位症、卵巢扭转、卵巢巧克力囊肿破裂等。建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。

1.激素水平变化引起的卵巢生理性囊肿

雌激素和孕激素水平的变化导致卵泡发育、成熟和排卵，形成囊性结构。这种类型的囊肿通常不需要特殊处理，可自行消退。对于此类囊肿，一般无需进行特殊处理，定期复查即可。

2.盆腔炎

炎症因子刺激腹膜和神经周围组织，引起腹部不适。针对细菌感染的抗生素治疗是主要手段。患者可在医生指导下使用头孢曲松钠、左氧氟沙星等药物进行治疗。

3.子宫内膜异位症

具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫体以外部位，伴随疼痛、不孕等症状。治疗目标是缓解疼痛、减少月经出血量并改善生育能力。可以遵医嘱口服避孕药如炔诺酮片、醋酸甲羟孕酮片等来抑制子宫内膜生长。

4.卵巢扭转

由于活动剧烈或体位突然改变导致卵巢韧带发生扭转，进而影响血液循环，出现急性下腹痛的情况。如果确诊为卵巢扭转，则需要及时手术切除病变侧附件以防止进一步损伤。

5.卵巢巧克力囊肿破裂

囊肿壁逐渐薄弱，在受到外力作用时易发生自发性破裂，导致囊内容物流出，引起急腹症。若经确诊则需紧急手术治疗，以免造成严重的并发症，如大出血、肠粘连等。

建议患者定期进行妇科超声检查以及CA125肿瘤标志物检测，以便监测囊肿大小和病情变化。注意保持良好的生活习惯，避免过度劳累和精神压力，以减少症状发作的风险。