通常情况下，肾穿刺能查清楚原因，但并非100%。此时医生会根据患者的情况，结合影像学检查、肾功能检查、抗体检查等检查结果，明确病因或疾病类型。

1、影像学检查：如腹部CT、胸部CT等，可以发现肾脏的病变情况，如结石、肿瘤、畸形、囊肿等，有助于明确诊断肾穿刺能查清楚原因;

2、肾功能检查：肾功能检查主要包括血肌酐、尿素氮、尿酸以及血β2-微球蛋白等指标，可以明确肾功能是否正常。若血肌酐、尿素氮、尿酸等指标升高，可能与肾功能不全有关。若血β2-微球蛋白升高，可能与肾功能衰竭有关;

3、抗体检查：抗体检查主要包括狼疮性肾炎抗体、微血管炎抗体等。若抗体呈阳性，可能与患有狼疮性肾炎、紫癜性肾炎、乙肝相关性肾炎等肾脏疾病有关，可以明确诊断;

4、其他：如血常规、电解质检查、尿常规等。血常规主要检查是否存在感染，电解质检查主要检查是否存在电解质紊乱的情况。尿常规主要检查尿液的酸碱度、红细胞、白细胞等情况，可以明确是否存在尿路感染、肾功能不全等情况。

综上所述，通过肾穿刺能查清楚原因。但临床上不能仅凭借肾穿刺检查结果，明确诊断某些疾病。当怀疑患有肾脏疾病时，需要积极前往医院就诊，并遵医嘱进行针对性治疗。