磁共振成像能够清楚地显示小型肝囊肿。
磁共振利用氢质子信号差异成像，具有多参数优势，可无创显示囊肿内部液体性质。此外，MRI对含气体的结构显示欠佳，因此对于肺部及消化道疾病的诊断存在一定的局限性。
虽然磁共振在大多数情况下可以显示出肝囊肿，但在某些特殊情况下，例如囊肿直径小于2厘米或位置较深时，可能会出现漏诊的情况。这主要是因为此时囊肿体积较小，且与周围组织密度相似，难以被准确识别。
在接受磁共振检查以评估肝囊肿时，应告知医生是否存在任何金属植入物或其他禁忌证，以免因磁场干扰而影响检查结果或引起安全风险。同时，在检查前12小时内避免进食固体食物，但可以饮水以确保胃内为空。
