13岁月经三个月没来可能是下丘脑功能异常、垂体功能减退、卵巢早衰、多囊卵巢综合征、甲状腺功能减退等疾病因素导致的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。

1.下丘脑功能异常

下丘脑是调节生殖激素的重要中枢，其功能异常可能导致促性腺激素释放激素分泌失调，进而影响卵泡发育和排卵。针对下丘脑功能异常，可以考虑使用亮丙瑞林等药物进行治疗。

2.垂体功能减退

垂体功能减退时，由于缺乏促性腺激素，导致卵泡无法正常发育和成熟，从而出现月经推迟的情况。

对于垂体功能减退，可以通过口服甲睾酮、戊酸雌二醇片等药物补充相应的激素以刺激月经来潮。

3.卵巢早衰

卵巢早衰是指卵巢过早停止产卵功能，使体内雌激素水平下降，引起一系列低雌激素症状。此时会导致子宫内膜生长缓慢，不能形成足够的子宫内膜而引起月经推迟。患者可以在医生指导下服用戊酸雌二醇片、结合雌激素片等药物缓解不适症状。

4.多囊卵巢综合征

多囊卵巢综合征是一种复杂的生殖内分泌代谢疾病，主要表现为雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等，常伴有胰岛素抵抗和肥胖。高雄激素可抑制卵泡发育和排卵，导致月经不规律。患者可在医生指导下使用炔雌醇环丙孕酮片、醋酸氯地孕酮片等药物改善病情。

5.甲状腺功能减退

甲状腺功能减退症是由各种原因导致的甲状腺激素合成、分泌减少，或组织作用减弱，所引起的全身性低代谢综合征。当甲状腺功能减退时，机体的新陈代谢率降低，会影响到下丘脑-垂体-卵巢轴的功能，导致月经周期紊乱。患者需要遵医嘱使用左甲状腺素钠片、甲状腺片等药物进行替代治疗。

建议关注月经周期的变化，必要时进行超声检查以评估子宫内膜厚度。同时，保持良好的生活习惯，如均衡饮食和适量运动，有助于维持正常的生理状态。