小儿颅内囊肿手术是否会有后遗症取决于囊肿大小及位置。

对于表浅且较小的囊肿，手术通常较为安全，风险较低，一般不会造成严重后果，也不会留下明显的后遗症。此类患者预后较好，恢复期较短，可遵医嘱使用营养神经药物促进恢复，如维生素B12片、甲钴胺片等。而对于深部较大或多发的囊肿，手术难度增加，风险相应增高，容易引发神经功能障碍等后遗症。

此类患者的预后较差，恢复周期较长，必要时需要在医生指导下通过针灸等方式缓解不适症状。

若术后出现头痛、恶心呕吐等症状，则可能与脑水肿有关；如果出现肢体麻木无力、言语不清等情况，则可能是由于术中损伤到了周围正常的组织结构。

围手术期需密切监测患儿的生命体征及神经系统功能变化，同时注意观察是否有异常出血或感染迹象。