新生儿败血症和化脓性脑膜炎的区别在于病原体类型（细菌种类）、感染途径、临床表现、实验室检查结果以及治疗方式。

1.病原体类型

新生儿败血症主要由细菌引起，而化脓性脑膜炎可由多种病原体如细菌、真菌或病毒引起。

2.感染途径

新生儿败血症通常通过血液循环扩散到全身各处，包括中枢神经系统。化脓性脑膜炎则主要是由于血液中的致病菌经血流进入大脑并繁殖导致的。

3.临床表现

新生儿败血症常表现为发热、拒食、反应低下等症状，重症时可出现黄疸、瘀点等。化脓性脑膜炎除了上述症状外，还可能出现头痛、呕吐、惊厥、前囟饱满等症状。

4.实验室检查

新生儿败血症患者可能有白细胞计数增高、C-反应蛋白升高等炎症指标异常。化脓性脑膜炎患者的腰椎穿刺液中白细胞数增多，并且以多核细胞为主，涂片可见革兰氏阳性球菌。

5.治疗方式

新生儿败血症通常采用抗生素治疗，例如青霉素、头孢曲松等药物进行抗感染治疗。化脓性脑膜炎需要针对特定致病菌选择合适的抗微生物药物，如静脉注射头孢噻肟钠、美罗培南等。

在诊断这两种疾病时，应特别注意其不同的临床特征及实验室检查结果，以便及时准确地区分两者并采取相应措施。