妇科指检时肛门疼可能是阴道炎、宫颈炎、子宫内膜异位症、盆腔炎、痔疮等疾病导致的，这些疾病可能相互影响，需要根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的诊断和治疗。
1.阴道炎
阴道炎是由各种原因导致的阴道微生态失衡，病原体侵袭所致。炎症可能引起局部瘙痒、分泌物增多等症状，进而导致肛门周围皮肤不适。患者可在医生指导下使用甲硝唑、氯霉素等药物进行抗厌氧菌治疗。
2.宫颈炎
宫颈炎是宫颈受到细菌感染引起的炎症反应，由于炎症刺激会导致宫颈充血水肿，从而出现疼痛的情况。患者可遵医嘱服用阿奇霉素片、盐酸多西环素胶囊等抗生素类药物缓解不适症状。
3.子宫内膜异位症
子宫内膜异位症是指具有生长功能的子宫内膜组织出现在子宫腔与子宫肌层以外部位所引起的一种病变状态。当子宫内膜异位至直肠时，可能会对邻近的肛门产生压迫和刺激，引起肛门疼痛的症状。患者通常需要通过腹腔镜手术的方式将子宫内膜异位的病灶彻底清除掉，从而使病情得到根治。
4.盆腔炎
盆腔炎为女性上生殖道感染性疾病，包括子宫内膜炎、输卵管炎、输卵管卵巢脓肿、盆腔腹膜炎。炎症因子不断刺激下腹两侧的组织结构，会引起腹部坠胀感以及腰骶部酸痛的现象，若炎症累及肛周组织，则会出现肛门疼痛的情况。患者应遵照医生的指导口服头孢克肟颗粒、头孢呋辛酯片等药物以减轻症状。
5.痔疮
痔疮的发生与长期坐立、便秘等因素有关，这些因素可能导致肛门静脉曲张或者肛垫下移，形成痔核。痔核内的血管容易破裂出血，如果痔核较大或位置较低，就有可能压迫到肛门周围的神经，引起肛门疼痛的感觉。患者可以听从医生的意见采用痔切除术、吻合器痔上黏膜环切钉合术等方式来处理。
建议关注自身心理状态，保持乐观心态，积极配合治疗。必要时，可以在医生指导下完善白带常规检查、肛门镜检查等，以便进一步明确诊断并采取相应措施。
