药物流产没流干净清宫一般情况下是不疼的。
清宫手术通常是在局部麻醉下进行的，因此患者不会感受到明显的疼痛。
但是术后可能会有一些不适感，如腹痛、阴道出血等，这些症状通常会在数日内自行缓解。如果出现持续性剧烈腹痛或其他并发症症状，应及时就医处理。
药物流产后未完全流产需行清宫术时，若子宫收缩不良或存在感染等情况，则可能引起疼痛。这主要是因为清宫术需要刮除子宫内膜组织，而上述因素会增加操作难度和子宫壁损伤风险，导致疼痛加剧。
在考虑药物流产后是否流干净的问题时，应关注阴道出血量以及是否有残留物排出。同时建议定期复查以监测恢复情况，避免不必要的痛苦。
