隐孢子虫感染的诊断可以通过隐血试验、粪便涂片显微镜检查、隐孢子虫抗原检测、隐孢子虫核酸检测、小肠黏膜活检等医学检查进行。由于涉及感染性诊断，建议在有资格的医疗机构进行上述检查。

1.隐血试验

隐血试验用于检测是否存在消化道出血的情况，若存在则可能导致隐孢子虫感染。通过取患者的尿液、唾液或血液样本送至实验室进行分析，通常需要空腹采集。

2.粪便涂片显微镜检查

粪便涂片显微镜检查可直接观察到寄生虫的存在情况，有助于诊断隐孢子虫感染。将新鲜或冷藏的粪便样本送往实验室，在显微镜下观察有无异常细胞或寄生虫。

3.隐孢子虫抗原检测

隐孢子虫抗原检测利用免疫学原理来鉴定是否存在隐孢子虫抗原，以确定是否被感染。通过口服含有放射性同位素标记的颗粒，然后使用专用仪器对体内放射性水平进行测量。

4.隐孢子虫核酸检测

隐孢子虫核酸检测是针对特定基因序列的PCR扩增技术，可以快速准确地检测出隐孢子虫核酸片段。采集患者肛门拭子后立即送至实验室进行处理，并采用RT-PCR法对样品中目标DNA片段进行定量分析。

5.小肠黏膜活检

小肠黏膜活检是在内窥镜下获取一小块小肠组织样本，以评估其结构和功能状态。在全身麻醉下执行，医生会将一根带有微型摄像头的细管插入患者的口腔并引导至十二指肠部位取样。

以上各项检查均需在医疗机构由专业人员操作。建议在进行隐孢子虫检查前避免食用高纤维食物及含铁量高的食物，以免影响结果准确性。