肛门指检后第二天肛门肿痛，有可能是检查时对肛门周围皮肤造成刺激引起，也有可能是肛门周围发生了炎症、血栓、痔疮等情况导致，需要根据具体情况选择适合的方法进行治疗。

1、刺激：在进行肛门指检时，需要将手指头伸入肛门里面进行检查，如果手指头伸入过深，对肛门周围皮肤造成刺激，有可能会出现肛门肿痛的症状。在进行检查时，要避免手指头过深，以免再次刺激皮肤;

2、炎症：如果肛门指检后第二天，肛门肿痛，伴有皮肤发红、发热等症状，多是肛门周围发生了炎症，比如肛周脓肿等。在做检查时，触碰到脓肿部位，就会出现肛门肿痛的症状。此时可以遵医嘱使用抗生素进行治疗，比如阿莫西林胶囊、甲硝唑片等;

3、血栓：如果肛门周围血管受到损伤，会导致血液淤积，血栓阻塞血管时，会引起局部组织缺血、缺氧，出现肛门肿痛的症状。在进行检查时，可以发现肛门处有质地较硬的肿物，触摸时疼痛症状会更加明显。可以遵医嘱使用迈之灵片、地奥司明片等药物进行治疗，还可使用低浓度的高锰酸钾溶液进行坐浴;

4、痔疮：如果本身患有痔疮，在进行肛门指检时，会刺激痔疮，导致痔疮充血、水肿、疼痛。可以遵医嘱使用马应龙麝香痔疮膏等药物治疗，还可进行温水坐浴。

除上述原因外，如果患者患有肛裂，在进行肛门指检时，也会刺激裂口引起疼痛。此时可以遵医嘱使用盐酸利多卡因凝胶等药物镇痛。