淋菌性咽炎和普通咽炎不同，前者属于特异性感染性疾病，后者为非特异性感染性疾病。

淋菌性咽炎主要是由淋球菌感染所导致的，具有传染性，并且症状较重，常伴有其他部位的感染征象。其诊断需要进行特异性的淋球菌培养或核酸检测。普通咽炎则是由多种微生物感染引起，症状相对较轻，不具传染性，可通过咽拭子检测来确认是否存在特定的病原体。

两者的治疗方法也有所不同，淋菌性咽炎需使用针对革兰氏阴性菌的抗生素治疗，而普通咽炎则需依据具体病因选用相应的抗病毒或抗菌药物。

淋菌性咽炎还可能伴随发热、头痛等症状，普通咽炎则可能引发咳嗽、喉咙痛等不适。

在诊断淋菌性咽炎时，应考虑进行特异性检查以排除普通咽炎的可能性；若确诊为淋菌性咽炎，则需遵循医嘱接受规范的抗生素治疗，同时注意个人卫生与隔离措施以防传播给他人。