肺炎衣原体感染需要使用大环内酯类抗生素进行治疗，如阿奇霉素或多西环素。因为衣原体对这类抗生素比较敏感。而支原体感染则优选喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、莫西沙星等。因为支原体缺乏细胞壁，所以青霉素类及头孢菌素类抗生素对其无效。
如果盲目用药可能会延误病情，甚至出现耐药性的情况发生。
除了上述药物外，患者还可以遵医嘱服用盐酸米诺环素胶囊、罗红霉素分散片等药物进行治疗。
在治疗肺炎衣原体感染时，应注意个人卫生，避免接触可能污染的眼、鼻或口腔黏膜，以减少交叉感染的风险。对于支原体感染，则需保持充足的休息，加强营养支持，并监测病情变化，及时发现并处理可能出现的并发症。
