胃肠道间质肿瘤的治疗效果因人而异，部分可以治愈，但中位生存期为36至48个月。

该疾病的治疗效果取决于肿瘤大小、位置及深度、是否侵犯周围组织器官以及是否存在远处转移。

若肿瘤较小且未发生扩散，则通过内镜下切除术等微创手术方式通常可获得较好的预后，因此有较高的治愈可能性。中位生存期较长。而对于较大或多处转移灶的患者，由于病情更为复杂，往往需要综合运用手术、放疗、靶向药物等多种手段进行治疗，以期控制病情发展，延长生命。

对于无法切除或广泛转移者，5年生存率可能较低，在10%左右。

针对胃肠道间质肿瘤的治疗需个体化评估，并密切监测疾病进展与副作用。术后定期复查影像学检查是必要的，以便及时发现复发或转移病灶。